O primeiro navegador que chegou às terras viseuenses foi o português Diogo Leite, em 1531, a mando de Martim Afonso de Sousa, que adentrou até a barra dos rios Gurupi e Turiaçu, comandando duas embarcações de nomes Princesa e Rosa, fato corroborado pelos historiadores Francisco Adolfo de Varnhagen (Visconde Porto Seguro) e Maurício Martins Meireles.
Diogo Leite deu seu nome a uma abra, que até hoje é objeto de discussões entre historiadores, que têm dúvidas sobre a localização desta abra: para alguns (como o Visconde de Porto Seguro) ela estaria na foz do rio Gurupi; para outros como Jaime Cortesão D’Avezac, ela seria localizada no rio Turiaçu. Discute-se, portanto, a localização da abra e não a chegada daquele navegador à foz do rio Gurupi ainda em 1531, já que eles são bastante plausíveis ao afirmar que ele de fato chegou às atuais terras do município de Viseu, portanto, 85 antes da fundação da cidade de Belém e 103 anos antes da fundação de Sousa do Caeté (atual Bragança, que foi fundada apenas em 1634).
Situado na zona do Gurupi, foi habitado primitivamente, pelos índios Tupinambás, Tremembés e Apotiangas. No século XIX, migraram para o Gurupi os índios Urubus-Kaapor, considerados uma nação bélica e violenta, tendo sido registrados numerosos conflitos envolvendo estes índios, os negros quilombolas da região e os brancos.
Os franceses começaram a se fixar no Maranhão por volta de 1594 e lá permaneceram até serem expulsos e saírem definitivamente em 3 de novembro de 1615, após serem cercados pelas tropas sob o comando de Alexandre de Moura. Antes, em 1613, o então Governador-Geral Gaspar de Sousa enviou para a região uma expedição sob o comando de Diogo de Campos, que convenceu Jerônimo de Albuquerque a construir um forte no rio Piriá para assim estabelecer alianças com os índios Tremembés.
Após a vitória dos portugueses na região, o Reino começou um verdadeiro processo de ocupação da região para evitar novas invasões. Foi desta forma que através da Carta Régia de 9 de fevereiro de 1622, o rei Felipe III, da Espanha (lembre-se da União Ibérica), doou a Capitania do Gurupi a Gaspar de Sousa, a qual ia do rio Caeté até o rio Turiaçu, tendo 20 léguas de fundo. Conforme os arquivos do Instituto Histórico e Geográfico do Pará, a Carta Régia de Felipe III de 1622 dava a Gaspar de Sousa o legítimo direito de escolher um local ou sítio da Capitania para que a beneficiasse e a fizesse povoar. No entanto, Gaspar de Sousa morreu sem definir o local ou sítio em que ele preferisse fixar a sua concessão.
Em 1624, um Alvará (de 19 de março de 1624) do rei Felipe III ordenou a Francisco Coelho de Carvalho (então Governador do Maranhão) que ele repartisse as terras do Maranhão aos povoadores e cultivadores que as quisessem.
O primeiro povoado na margem do rio Gurupi, que recebeu o nome de Vera Cruz, só foi definitivamente fundado em abril de 1627, por ordens de Francisco Coelho de Carvalho, sendo composta de índios Apotiangas e moradores que foram levados do Pará e Maranhão. Vera Cruz do Gurupi ficava onde hoje é a vila de São José do Gurupi e não na cidade de Viseu como se supunha. A cidade, apesar de ter suas origens ao início do século XVII com a chegada dos franceses, só foi fundada no século XVIII. Em 1758, foram fundadas três freguesias no município de Viseu, as quais ficavam onde hoje é a cidade de Viseu, São José do Gurupi e São José do Piriá (fundada em 1751 pelo governador Francisco Xavier de Mendonça Furtado).
Em 1655, o padre Antônio Vieira fundou no rio Gurupi (mais precisamente na povoação de Vera Cruz) a missão jesuíta de São João Batista, que ficou naquela povoação até 1672, quando foi transferida para o Caeté.
Vera Cruz foi fundada para ser uma cidade de ligação entre Belém e São Luis. Devido ao porto de Vera Cruz ter ficado bastante raso, a povoação acabou sendo abandonada pelos governantes. Esse fato, ajudou na migração das pessoas de Vera Cruz para Sousa do Caeté.
Apesar de suas terras serem conhecidas desde 1531 e tendo recebida a visita de franceses e portugueses em 1613, a cidade de Viseu só foi definitivamente ocupada no século XVIII, tendo em 1758, sido fundada uma freguesia. Em 1781, foi oficializada a fundação da atual cidade de Viseu, conforme o ofício de 27 de janeiro de 1781, do Governador do Pará, José de Nápoles Tello de Menezes ao Ministro e Secretário de Estado, Martinho de Melo e Castro.